Markdownは普及しているものの、技術コンテンツには最適とは言えない理由が検討されている。著者はMarkdownを愛用しているが、大規模なドキュメントプロジェクトではその限界に直面している。Markdownは可読性が高く、使いやすさから開発者向けのデフォルトな選択肢となっているが、コンテンツの構造を十分に表現できないという欠点がある。コンテンツは人間だけでなく機械でも利用され、Markdownの基本構文はHTMLのセマンティックタグの一部しか出力しないため、情報の文脈を十分に提供できない。また、様々なMarkdownのバリエーションが存在し、互換性の問題も生じるため、Markdownは設計の一貫性や保証が欠如した「暗黙の型付け」に過ぎないとの指摘がなされている。