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seqme: 生物学的配列設計を評価するためのPythonライブラリ

seqme: a Python library for evaluating biological sequence design

http://arxiv.org/abs/2511.04239v1


最近の生物学的配列設計における計算手法の進展に伴い、設計された配列の目標分布への忠実性や望ましい特性の達成に関するこれらの手法のパフォーマンスを評価するためのメトリクスが開発されましたが、それを実装する単一のソフトウェアライブラリが欠けていました。そこで本研究では、seqmeというモジュラーで拡張性の高いオープンソースのPythonライブラリを紹介します。seqmeは、配列ベース、埋め込みベース、特性ベースの三つのメトリクスグループを考慮し、小分子、DNA、ncRNA、mRNA、ペプチド、タンパク質などの幅広い生物学的配列に適用可能です。多様な埋め込みモデルや特性モデルを提供し、結果を検査するための診断と可視化機能も備えています。seqmeは、一回限りの計算設計手法と反復的な設計手法の両方を評価するために使用できます。