Apo2Molは、特定のタンパク質ターゲットに結合する小分子リガンドの生成を目指した、拡散モデルに基づく3D分子設計フレームワークです。このモデルは、タンパク質の結合ポケットの柔軟性に対応し、リガンド結合による構造変化を直接考慮しています。研究では、24,000以上の実験的に解決されたアポ-ホロ構造ペアをデータセットとして活用し、タンパク質の構造変化を特定しました。Apo2Molは、入力されたアポ状態から3Dリガンドとそれに対応するホロポケットのコンフォメーションを同時に生成する全原子階層グラフベースの拡散モデルを使用しています。実証研究により、Apo2Molは高親和性リガンドの生成において最先端の性能を達成し、現実的なタンパク質ポケットの構造変化を正確に捉えることができることが示されました。