本研究では、構造に基づく創薬設計のための生成モデルの限界を克服するために、FuncBindという新しいフレームワークを提案しています。FuncBindは、分子を連続的な原子密度として表現し、コンピュータビジョンから派生した現代的なアーキテクチャを用いたスコアベースの生成モデルを採用しています。このモデルはモダリティに依存せず、様々な原子系に対して訓練されることが可能であり、小分子から大分子、さらには非標準アミノ酸を含む変動する原子数を扱えます。FuncBindは、小分子やマクロ環ペプチド、抗体の特異的なループを創出する際に競争力のある性能を示しました。また、選択した共結晶構造の補完決定領域H3ループのデノボ再設計を経て、新しい抗体結合体も生成しています。さらに、構造に基づいたマクロ環ペプチド生成のための新しいデータセットとベンチマークも紹介されています。