パイロットが飛行中に脱出した場合、自動操縦システムはその後どのように機能するのかについての議論が行われています。一部のコメントによれば、パイロットが脱出するという決断は、通常、飛行機が安全に操縦できない状況を示しており、その時点で自動操縦に期待できることはほとんどありません。脱出によって機体は不安定化し、操縦はより困難になるためです。また、自動操縦が飛行機を安全に着陸させる設計は一般的ではなく、特に軍用機には、敵に回収されることを避けるために自己破壊的な着陸を選ぶ機体もあるとされています。結局、自動操縦はパイロットが脱出した時点で有効ではない場合が多く、飛行機の状態によっては、パイロット自身が最善の手法を選ぶことが求められます。