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オープンソースのRustプログラムによるメモリ効率の良いゲノミクスを作成しました

Show HN: I made an open-source Rust program for memory-efficient genomics

https://github.com/logannye/rosalind


この記事では、オープンソースのRustプログラム「Rosalind」が紹介されています。このプログラムはO(√t)のメモリ使用量で全ゲノムワークロードを100MB未満のRAMで処理できるゲノミクスエンジンです。従来のツールは、50GB以上のRAMを必要とし、データセンターの高機能なハードウェアでの実行が前提ですが、Rosalindは病院のワークステーションやクリニックのラップトップなど、低リソース環境で動作することを目指しています。Rosalindの機能には、決定論的な再実行、メモリの効率的な使用、流れるようなSAM/BAM/VCF出力が含まれています。このような特性から、臨床診断や疫病監視の現場でも利用できる、柔軟でメモリ効率の良いゲノミクス解析を実現しています。